Finalmente! Uma das poucas coisas que faltava funcionar no Linux era a transparência do Flash nos sites. Aparentemente a espera acabou 
Hoje faz quase 1 mês que estou utilizando a versão 10 do Flash Player, beta. Mesmo não sendo o release final até agora não tive nenhum tipo de problema e todos os sites acessados que utilizam transparência funcionam normalmente. Os elementos abaixo da transparência são acessíveis sem conflitos quando o flash não está expandido ou visível.
Quem esperou por este milagre depois de tantos anos pode fazer um teste baixando o player aqui: